Les deux sont compétents et souvent complémentaires
Qui fait quoi ?

Si vous êtes hébergé en mode SaaS*
votre ERP est installé sur un serveur géré par votre éditeur.
Pour des raisons évidentes de sécurité et de confidentialité, un Expert SQL Server, missionné par un client de l’éditeur, ne sera pas autorisé à auditer le serveur ou la base de données.
Dans ce cas, seul l’éditeur pourra mener un audit complet en s’appuyant sur des compétences SQL Server de son hébergeur et ses compétences internes en termes d’audits. Les serveurs étant mutualisés et hébergeant plusieurs clients, ils sont souvent optimisés et gérés par des équipes compétentes. Un audit de l’éditeur se limitera souvent à vérifier des paramétrages ou des actions d’optimisation de la base de données (par exemple, créer de nouveau index car la base à beaucoup évolué et certaines tables nécessitent maintenant des index supplémentaires pour améliore r les performances).
Sauf demande particulière, un audit dans un contexte SaaS est à la charge de l’éditeur.
Dans les autres cas
Vous êtes propriétaire de votre serveur ou le louez à un prestataire,
Vous avez donc accès à votre base de données et l’architecture est de votre responsabilité.
L’éditeur de votre logiciel intervient au niveau de la base de données et de l’installation. Il peut réaliser un audit afin de vérifier si les préconisations d’installation sont respectées et conseiller sur la sécurité et la fiabilité du logiciel.
Un Expert SQL Server peut réaliser un audit sur l’architecture et l’environnement afin d’optimiser l’utilisation de votre logiciel.
Les deux types d’audits sont donc complémentaires.
Pour bien comprendre le rôle de chacun, consultez cette métaphore :

(*) Saas : Software as a service : Le logiciel est hébergé chez l’éditeur